En el año 711 se produce la invasión musulmana de la Península Ibérica y desaparece la monarquía visigoda, que no ha dejado ningún resto en Albarracín. Un grupo berberisco de la tribu Hawara, los Banu Razín (o Ibn Razín), se estableció en estas tierras, llamando inicialmente a la ciudad Santa María al-Sarki (o Santa María de Oriente). Posteriormente pasó a llamarse Santa María de Ibn Razin, gobernando un amplio territorio como gobernadores dependientes del Califato de Córdoba. Cuando el Califato se disolvió entre 1009 y 1013, Hudayl ibn Razin la proclamo como Taifa, o reino independiente.

Albarracín, junto con otras taifas cercanas como Alpuente, Denia o Tortosa, fueron taifas exiguas, reducidas prácticamente a una sola fortaleza.


Fue saqueada por Alfonso VI, junto con otras muchas fortalezas (hasta 80 dice Ibn Alkardabus), tras haber conquistado Toledo. (1085) , y posteriormente reducida a vasallaje en nombre de Alfonso VI por el Cid. Gobernaba entonces Abd al-Malik ibn Razin, sucesor de Hudayl.

Alfonso VI, tras tomar Toledo, cedió al hasta ese momento rey de Toledo, al-Qadir, la taifa de Valencia, que comprendía la taifa de Albarracín en su territorio. Inicialmente bajo la protección de uno de los capitanes de Alfonso VI, Alvar Fáñez, y posteriormente la de Rodrígo Díaz de Vivar.

Tras el asesinato de Al-Qadir, en Valencia, por Ibn Yahhaf, este último comenzó a actuar como si fuese rey en verdad, albergando incluso a un nutrido grupo de almorávides, por lo que Rodrigo tuvo que ir sometiendo una a una todas las fortalezas que obedecieron a Ibn Yahhaf, salvo Murviedro (Sagunto), cuyo señor prefirió entregarla en vasallaje al señor de Santa María de Albarracín, Abd al-Malik, quien, para no enemistarse con Rodrigo, llegó con él a un acuerdo, por escrito, por el que el Cid podía comerciar con los castillos que dependían de Albarracín, y situar allí depósitos en los que almacenar los frutos obtenidos de la guerra, sólo a condición de que no atacase a Albarracín.

Aprovechando los conflictos del Cid con los almorávides y los revoltosos de la zona de Valencia, Abd al-Malik pensó que podía trabar alianzas para quitarse de encima el compromiso del acuerdo con rodrigo e independizarse, por lo que se alió con Sancho Ramírez, de Aragón.

Al conocer esta traición, Rodrigo se presentó en Albarracín con su hueste, en septiembre de 1093, en un ataque por sorpresa que arrasó las tierras de Albarracín, consiguiendo un gran botín de grano, frutos y esclavos. No obstante, en las cercanías de la ciudad, doce caballeros musulmanes consiguieron localizarlo aislado, y le atacaron, hiriéndole gravemente en la garganta y dando muerte a dos de los pocos caballeros que le acompañaban, posiblemente porque no iban armados con cofia y loriga para una mayor rapidez en la cabalgada.

Pese a su herida, que le tuvo en grave peligro tres meses, Rodrigo consiguió reducir de nuevo a vasallaje la taifa de Albarracín.

En diciembre de 1093, al ser avisado de una gran concentración de almorávides en la zona de Lorca que avanzaba hacia Valencia, y acudió a esta, para encontrase con que Ibn Yahhaf se había apoderado de la ciudad.

No viene al caso de esta historia de Albarracín hablar del cerco de Valencia por el Cid, y de los enfrentamientos victoriosos de éste con los almorávides, porque, durante este tiempo, Albarracín le rendía vasallaje.

En las campañas de Rodrigo contra las dos ciudades de Almenar y Murviedro, esta última pidió ayuda al señor de Albarracín, además de a Alfonso VI, al rey de Zaragoza, al conde de Barcelona y a los almorávides. Todos se excusaron de diferentes formas, bajo las cuales estaba el temor a las huestes de Rodrigo.

Tras la muerte de Rodrigo (10 de julio de 1099, cinco días antes de que los cruzados conquistaran Jerusalén), fue Jimena quien mantuvo a Valencia frente a los almorávides durante dos años, y con ella el vasallaje de Albarracín hasta 1102.

En 1104, gobernándola Yhaya Husa, al-Dawla, sucesor de Abd al-Malik, Albarracín fue incorporada al imperio Almorávide hasta que, sobre 1147, tras los almorávides, la incorporó a su taifa de Murcia (Mursiyya) el independiente Ibn Mardanís, llamado Rey Lobo por los cristianos con los que pactó.

Entre 1166 y 1170, Ibn Mardanís cedió el señorío de Albarracín a uno de los cristianos que participaban en sus huestes, el navarro Pedro Ruiz de Azagra, que la mantuvo, cristianizándola.

Albarracín fue de los Azagra hasta 1284, en que Pedro III de Aragón la incorporó a su reino tras vencer a Juan Núñez de Lara, último señor de Albarracín. Durante ese tiempo doña Teresa Álvarez de Azagra, señora de Albarracín, concedió ea sus habitantes el más antiguo Fuero de Albarracín, el de 7 de julio de 1260. Pedro III, al conquistar el señorío, lo completa con el modelo del Fuero de Teruel.

En 1598, Santa María de Albarracín, junto con Teruel y Mosqueruela, renuncian a foralidad propia, incorporándose a los fueros Generales de Aragón.